近年の発掘調査によって下野薬師寺には、2つの塔がつくられたことがわかっています。 下野薬師寺が創建された7世紀末ころには、回廊の中心部に塔を建設しましたが、9世紀ごろに落雷などで焼失したようで、焼けた大量の瓦を埋めた大きな穴が西回廊の南側で見つかっています。 寺院の東側の塔は、創建(そうけん)の塔が焼失後に再建されたものであることが明らかになっています。 2つの塔は、基壇(きだん)の大きさから高さ30mほどの五重塔であったと考えられます。